Die nächste am stärksten betroffene Gruppe ist die der wirbellosen Wassertiere, wie beispielsweise Süßwasserschnecken und Wasserflöhe, die durch das Wasser und möglicherweise Pflanzen ausgesetzt sind. Diese sind durch niedrige und akute Exposition gefährdet und können auf der Ebene des einzelnen Tieres, des gesamten Bestandes oder des Gemeinwesens betroffen sein.
Die mittlere bis hohe Wasserlöslichkeit von Neonikotinoiden ermöglicht es, sowohl das Oberflächen- als auch das Grundwasser zu kontaminieren und in Wasserwege zu sickern, in denen hohe Konzentrationen die Wasserinsektenfülle und deren Vielfalt vermindern.
Die Auswirkungen, die in dieser Gruppe ermittelt werden konnten, sind verringertes Fressverhalten, gestörtes Wachstum und beeinträchtigte Beweglichkeit.
