El siguiente grupo que se ve más afectado es el de los invertebrados acuáticos, como los caracoles de agua dulce y las pulgas de agua, que están expuestos a través del agua y posiblemente de las plantas, todos los cuales son vulnerables a una exposición baja y aguda y pueden verse afectados a nivel individual, de población y de comunidad
La solubilidad media o alta de los neonicotinoides les permite contaminar tanto el agua superficial como la subterránea y así filtrarse hacia los ríos, donde las altas concentraciones han decimado la abundancia y diversidad de insectos acuáticos.
Los impactos identificados en este grupo son un reducido comportamiento alimenticio y disminución de crecimiento y de movilidad.
