ネオニコについて既知の事柄と同じくらい、未知の事柄が懸念される。浸透性殺虫剤が施用された量については、ほとんどデータがないに等しい。環境中のネオニコ濃度のスクリーニング調査も、あまりなされていない。スクリーニング調査が行なわれた場合、ネオニコとフィプロニルが頻繁に検出されている。
- 大部分の生物に対する毒性が未調査だ。例えば、ハナバチでは、知られている約25,000種のうち4種しか毒性が調べられておらず、ハナアブやチョウなど他の送粉動物群では、毒性はほとんど未調査だ。
- 脊椎動物（処理された種子を摂食する可能性がある穀食動物や鳥類など）への毒性は、少数の種しか調べられていない。
- 亜致死性の影響は、ほとんどの生物で未調査だが、ハナバチでは広範な影響が知られている。他の幾つかの種では、神経毒のネオニコは、致死量を十分に下回る亜致死性の用量で行動に悪影響を及ぼす（ことが多い）。